近几年，在创新驱动发展战略指引下，我国企业自主创新水平稳步提升。根据国家统计局数据，2017年中国创新指数为196.3（以2005年为基准），同比增长6.8%。创新环境有所优化，投入产出成效改善明显，其中创新环境指数、投入指数、产出指数及成效指数分别同比增长10.4%、6.2%、5.9%和4.8%。我国自主创新能力向高质量发展稳步迈进。企业是进行自主创新的主体，而自主创新良好环境的形成，需要政府制定并实施有利于自主创新的财税、金融等方面的政策。
企业自主创新具有溢出性和风险性特征，必须由政府提供公共政策支持。一方面，企业自主创新成果属于公共物品范畴，具有公共性和外部性，其推广应用将有利于社会进步和人类发展；另一方面，企业自主创新成果的不确定性导致资源无法通过市场进行有效配置。因此，需要政府创造开放、稳定且有利于创新的社会环境，进行技术成果转化、人才培养等方面的调控和干预。
从税收优惠对企业自主创新的影响看，学界普遍认可合理的税收优惠政策对企业自主创新具有促进作用。陈远燕 等（2017）基于双重差分模型对企业自主创新税收优惠政策进行了绩效评价，论证了税收优惠政策对于自主创新具有促进作用。陈焕平（2016）在对创业板企业的量化分析中发现，增值税和企业所得税税收优惠都对提升企业科技创新能力发挥了明显效应，而企业所得税优惠政策比增值税优惠政策的效用更显著。此外，还有学者就税收优惠对企业自主创新所产生的信号传递效应进行研究，Meuleman et al.（2012）认为政府对企业自主创新的税收优惠可以向企业的外部利益相关者（如投资者）释放出利好的信号，从而利于企业自主创新融资，并有助于提升企业形象。
常见的激励企业自主创新的方式还有政府财政补贴，但相较之下，税收优惠激励是更为市场化的手段。李香菊 等（2019）分析了财政补贴和税收优惠对企业自主创新的影响效果，认为二者均能有效激励企业自主创新。其中，税收优惠的激励作用虽具有一定时滞性，但也有一定延续性，对于企业短期和长期技术创新均具有激励作用；而财政补贴虽有利于企业短期技术创新，但对长期创新激励不足。
综上所述，税收优惠政策对市场扭曲更小，是激励企业自主创新、促进国家科技进步的有效手段。税收优惠政策既能避免政府财政补贴可能对企业自主创新带来的替代效应，又能产生长期和持久的激励。
二、我国激励企业自主创新税收优惠政策的发展及主要特点
改革开放初期，我国企业技术开发尚处于摸索阶段。为激励企业创新，我国在一些知识、技术密集的大中城市和沿海地区相继建立起若干高新技术产业开发区，通过给予其多项税收优惠以促进高新技术产业的发展。
二十世纪九十年代及二十一世纪初，由于我国大部分企业创新主要依靠引进技术和模仿制造，因此税收优惠政策起初更多在于鼓励进口设备及技术转让。外国企业和外籍个人从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。随着对外开放的不断推进，税收优惠政策从鼓励引进逐渐转向重视鼓励企业发展自主创新能力，优惠形式也出现了根据产业进行划分的特点。
随着经济和社会发展进入新阶段，经济增长的动力机制发生质变，税收优惠政策开始注重对高新技术企业、技术先进型服务企业的扶持。包括：合并内、外资企业所得税制度并将税率降至25%；技术转让所得500万元以下免税；对重点扶持的高新技术企业所得税率减按15%征收；进一步扩大研发费用加计扣除范围；放宽研发费用支出范围等。这些税收优惠政策有效降低了以高新技术企业为代表的各企业自主创新的风险，以点带面地激发了企业自主创新的积极性。
近年来，我国经济发展进入新常态，创新成为经济增长的新引擎。为配合国家创新驱动发展战略，引导外资更多投向高技术、高附加值服务业，促进企业自主创新和技术服务能力的提升，政府推出了一系列税收优惠政策。例如，提高研发费用加计扣除比例，延长亏损弥补结转年限，加大对小微企业的税收优惠力度等。
我国激励企业自主创新优惠政策经过几十年的发展，政策形式愈加丰富，惠及对象持续扩展，优惠力度不断加大，初步形成了以产业性优惠为主体、覆盖现行主要税种的税收优惠政策体系。
1.激励企业进行自主创新研发。研发是自主创新链条的头部环节，激励研发对激励自主创新的作用最为直接。例如，在2018年，对我国企业研发费用的税前加计扣除比例加以调整，将允许加计扣除的比例由50%提升至75%，无形资产摊销比例也从150% 提升至175%。另外，生产和研发设备等固定资产加速折旧，也有利于加大企业研发投入和促进企业科技成果转化。这些政策对现金流压力较大或固定资产、无形资产摊销折旧金额较大企业的自主创新有着显著的激励作用。
2.激励企业加强科技人才培养，并帮助企业留住创新人才。一方面是对企业自主培养创新人才和研发团队给予税收优惠，如企业发生的员工教育经费支出，不超过工资薪金总额8%的部分可准予税前扣除；另一方面是对创新人员个人所得税给予税收优惠，如对高新技术企业转化科技成果，给予本企业相关技术人员的股权奖励，个人一次缴纳税款有困难的，可在不超过5个公历年度内(含)分期缴纳。
3.助力企业更好享受创新成果。这样的政策包括：高新技术企业适用15%企业所得税税率；软件企业销售自行开发产品的增值税实际税负超过3%部分即征即退；符合条件企业可享受“两免三减半”的企业所得税优惠；企业和个人从事技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务取得的收入免征增值税；居民企业技术转让所得不超过500万元的部分免征企业所得税，超过500万元部分减半征收企业所得税等。这些税收优惠政策均使得企业可以更好地享受创新成果，提升经济效益。
4.鼓励创新领域资金投入。融资是企业生产发展的重要基础。要实现把技术创新转化为生产力、转化为产品的目标，就必须加大内外部融资。但企业发展的不确定性和资本市场信息的不对称性，使得大部分企业无法采用普通融资手段。为鼓励投资，根据国家创业投资企业和天使投资个人有关税收试点政策，公司制创业投资企业采取股权投资方式直接投资于种子期、初创期科技型企业满2年的，可以按照投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该公司制创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣；企业或个人以技术成果投资入股，满足条件时允许递延纳税。另外，对用于支持科教的公益性捐赠在一定限额内准予税前扣除等。这些政策都是对社会各界投资科技创新的鼓励和支持。
（三）我国激励企业自主创新税收优惠政策体系的主要特点
1.激励企业自主创新税收优惠政策的来源主要是行政法规和部门规章，这些政策更多的是政府根据经济形势变化相机抉择的结果，体现了政策的多元性和灵活性。
2.优惠政策涉及税种以企业所得税为主，同时覆盖个人所得税、增值税、关税、消费税、房产税和印花税等税种。
3.税收优惠方式既包含优惠税率、定期减免、超额返还等直接优惠，也包括加计扣除、加速折旧等间接优惠。
4.优惠政策具有产业化特征，优惠政策涉及的产业既包括软件、集成电路等高新技术产业，也包括轻工、机械、汽车等传统制造产业。
5.优惠政策激励范围呈现出扩大化、多元化趋势，既包括对产业的税收激励，又包括对创新人才的激励，还包括对创新领域投融资的激励，等等。
三、激励企业自主创新税收优惠政策制定和实施中存在的问题
（一）税收优惠政策的规范性、科学性、系统性有待提高
1.税收优惠政策制定权配置不合理。税收优惠政策制定权作为税收立法权的一部分，应该集中于作为国家权力机关的全国人民代表大会及其常委会。但现实中，中央财税主管部门和地方各级政府是大量税收优惠政策的制定主体，立法层次较低，“政出多门”、随意“免税引资”的情形时有发生，这将导致税制混乱、政策效力递减甚至失效。（熊伟，2014）
2.税收优惠政策结构与税制结构存在矛盾。我国目前实施的激励企业自主创新的税收优惠政策主要以企业所得税为主，然而我国目前的税制结构中，增值税是第一大税种。以所得税为主的税收优惠政策结构与以增值税为主体的税制结构之间存在矛盾，不利于政策激励作用的最大化。
1.覆盖产业集中，普惠性不强。目前激励企业自主创新税收优惠主要针对部分特定产业，优惠对象较为集中。这会导致税收优惠覆盖不到部分新兴产业，从而影响政策整体的导向性，进而影响经济创新和科技发展水平的提高。另外，如果长期对某一或某些行业实施税收优惠，也容易导致我国受到WTO有关补贴的指控。
2.覆盖环节尚有缺失，激励不足。现行针对企业自主创新的税收优惠政策常被形容为“事后优惠”，即更多集中于产业化、成果化的阶段，而对于产生新技术、新产品的初始环节——研发、试验等环节激励不足，政策效果一般。这一方面与优惠政策以企业所得税为主密切相关；另一方面则是由于优惠政策的适用依据主要是企业资质而非研发活动，而研发前期巨大的沉没成本很容易让企业对自主创新望而却步。
1.对初创企业自主创新激励效果较差。受资产规模、资金渠道、管理体系等方面的限制，初创企业的自主创新活动在市场竞争中不确定性更大，风险抵御能力也更有限，同时初创企业在争取财政补贴或融资贷款等方面也面临更多困难。而我国目前许多自主创新优惠政策主要针对高新技术企业、科技型中小企业等，未能覆盖许多初创期的企业。此外，许多税收优惠政策的认定条件过高，一些初创和其他特殊企业难以达到。这些均导致税收优惠政策的效果大打折扣。
2.人力资本激励需要强化、优化。人力资本投入对于自主创新投入强度、创新产出的数量和质量都具有十分重要的影响。当前我国针对人力资本激励的税收优惠政策不断完善，但仍需强化、优化。从企业职工教育经费税前扣除政策看，自2018年1月1日起，我国将一般企业的职工教育经费税前扣除限额与高新技术企业的限额统一，从2.5%提高至8%，有效缓解了大多数企业培训费用扣除不足的问题，但税收优惠力度和深度仍有待进一步提高。此外，部分税收优惠措施仍需优化和完善。例如，科技人员以其知识产权专利投资入股缴纳个人所得税，被投资企业支付的对价全部为股票（权）的，可选择5年内递延纳税，但现实中，往往不是所有科技成果入股就能够马上变现，也并非所有成果都能在5年内取得收益，这就造成科技人员无现金收入却需要缴纳个人所得税的情况。
1.政策适用门槛较高，将部分企业排除在外。自主创新税收优惠政策门槛较高，导致很多企业受惠有限。如研发费用加计扣除税收优惠政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业，这对于许多企业而言门槛较高。而允许扣除的费用范围采取正列举方法，未列入的不能享受优惠，导致很多研发投入较多、本应享受优惠的企业因不符合要求而不能享受研发费用加计扣除。此外，享受税收优惠的条件过于复杂，税会差异过大，核算、认证和申报程序繁琐，也可能导致企业因难以判断适用何种优惠政策及面临何种涉税风险，从而主动放弃税收优惠。
2.政策落地需要更高征管和纳税服务水平配套。日渐庞杂的税收优惠体系需要完善的税收征管法律、法规和严密的征管手段作支撑。目前，涉及企业自主创新的大量税收优惠的认定程序较为复杂，存在较高的税收征管成本和税收遵从成本。在行政效率较低或通道不畅时，这样复杂的认定程序还容易产生欺骗和寻租等行为。此外，如果税务机关放松对享受优惠企业的后续监管，税收优惠政策的落地也可能出现偏差。
1、规范和制约税收优惠政策制定权。一方面，要落实税收法定原则，将税收优惠政策制定权逐步收归全国人民代表大会及其常委会，清理中央财税主管部门制定的税收优惠政策，以保证税收优惠政策的权威性和统一性。另一方面，在强调税权集中的同时，也要顾及地方的实际情况和需求，给予地方一定程度的税收优惠政策制定权。对于地方税种或中央与地方共享税种，可由全国人大授权地方人大在一定幅度和范围内制定适合地方实际情况的税收优惠政策，以保证税收优惠政策的灵活性和适应性。
2、加强各地税收优惠政策的协调和配合。各级政府、机关在制定当地税收优惠政策时应注意加强信息沟通和交流，建立宏观、微观层面合理的信息共享平台，中央也可以适当干预和监督，尽可能使各地政策互相协调，避免出现“以邻为壑”的现象，以共同营造有利于企业自主创新的税收环境。
3、健全增值税税收优惠以适应税制结构。我国税制结构以增值税为主，可以进一步发挥增值税税收优惠对企业自主创新的推动作用。比如，可以考虑对引进或培养科技人员的成本进行增值税抵扣；进一步扩大增值税等流转税优惠覆盖范围，助力企业提升自主创新能力。
1.扩大税收优惠适用产业范围，增强普惠性。可适当扩大税收优惠政策所覆盖的产业，进一步向国家重点鼓励的高科技领域倾斜，如在量子物理、生物科学、人工智能等领域推出更多税收优惠政策，从而使更多自主创新企业得到激励。
2.从全产业链视角切入，布局税收优惠。应完善企业生产各个环节所涉及的税收优惠，在注重终端环节的基础上，还要注重对新技术、新产品的研发、试验等环节的激励。例如，可进一步缩短摊销年限或改变摊销政策，从而淘汰落后产能、鼓励研发端对技术设备的引进和制造；放宽研发支出的范围，将优惠依据更多放在研发项目和研发活动本身；进一步细化研发费用扣除政策内容，同时可适当放松科研人员所占比例等，从而更切实地帮助企业减轻自主创新成本负担。
1.加大对初创企业税收优惠力度。适当对初创企业实行特别税收优惠，从而在一定程度上减轻其税收负担，这符合税收量能负担原则，也是世界各国通行的做法。例如，研发费用扣除结转5 年的政策在缓解初创期企业当下财务压力方面缺乏实质效果，因此可以考虑设置特殊宽限。
2.进一步加大对人力资本的税收优惠力度。对初创企业等特殊企业、创新核心人才及其他与自主创新相关的社会主体，可考虑加大税收优惠力度，以形成对人力资本的激励效应。例如，可以对主要研发人员所获奖金或津贴等进行适当税收减免，对科技人员的股权分配及其转让也可考虑暂不征收个人所得税；进一步提高职工教育培训费的税前扣除比例；对为企业提供资金的投资者，包括个人投资者、创投企业、金融机构等，在资本运作中有助于企业自主创新的部分予以优惠，如对以资金、非货币性资产等投资的企业，适当放宽其享受税前抵扣投资额的条件，允许金融机构对特定企业特定项目的贷款取得的利息收入免征增值税等。
1.适当降低税收优惠政策适用门槛。可考虑拓宽税收优惠政策的适用范围，使更多的自主创新企业受益。适时调整优惠认证限制，如适度减少高新企业资格认定指标；在考虑高新企业资质问题上多考虑发明专利与成果转化的占有率等。此外，还可以建立高新技术企业预认定平台，从宏观层面掌握微观动态，利用大数据平台定期优化和调整优惠门槛，完善认定程序。
2.提高征管效率，优化纳税服务。一方面，可以通过建立信息互通共享机制、引入第三方审核机制等方式，减少政企双方的成本和风险，提高征管效率；另一方面，针对企业自主创新的税收优惠认定程序较为复杂的情况，可以通过在办税服务厅设置专岗,在官方网站开设专栏等方式优化纳税服务，做好税收优惠认定的辅导、咨询以及申报推荐等工作。
（本文为节选，原文刊发于《税务研究》2019年第10期。）
